Kerjasama yang dimaksud adalah kerjasama antara FTI-ITS dengan instansi lain, baik dengan instansi (Perguruan Tinggi) di luar negeri maupun instansi dalam negeri. Bentuk kerjasama meliputi pelatihan, penelitian bersama, jasa konsultasi dan jasa-jasa lainnya .

Lembaga Pemerintah Dalam Negeri

1. Badan Pengkajian dan Penerapan Teknologi (BPPT)
   • Dalam peningkatan Pemanfaatan Sarana dan Prasarana untuk menunjang pelaksanaan kegiatan Riset dan Teknologi.
   • Dalam Pemanfaatan Unit Pelaksana Teknis Balai Pengkajian dan Penelitian Hidrodinamika.
2. Kantor Menteri Negara Lingkungan Hidup.
3. Departemen Pekerjaan Umum, dalam Penyelenggaraan Pendidikan D-3 dan S-2.
4. Departemen Perindustrian dan Perdagangan, dalam upaya Pemanfaatan Pendidikan, Penelitian dan Pengembangan Teknologi di bidang Industri dan Perdagangan.
5. Departemen Perhubungan.
6. Lembaga Ilmu Pengetahuan Indonesia (LIPI)
7. Sekretariat Jenderal Dewan Pertahanan Keamanan Nasional, dalam bidang penelitian yang bersifat strategis untuk kepentingan Nasional
8. TNI Angkatan Laut
   • Dalam Pendidikan, Penelitian dan Pengembangan Bidang Ilmu.
   • Dalam Teknologi Pertahanan dan Keamanan Matra Laut.
9. Akademi Angkatan Laut (AAL)
10. TNI Angkatan Udara
11. Departemen Eksplorasi Kelautan dan Perikanan

Perusahaan Negara/ BUMN

1. PT. PAL Indonesia, dalam Pengkajian Teknologi dan Tri Dharma Perguruan Tinggi.
2. PT. Boma Bisma Indra (BBI), dalam bidang perencanaan, penelitian, pengembangan pendidikan, dan pelatihan.
3. PT. Badak NGL. Co., dalam Pendidikan, Pelatihan, Penelitian dan Jasa Konsultasi.
4. PT. PLN (Perusahaan Umum Listrik Negara), dalam bidang Pendidikan, Penelitian, dan Pengembangan serta rekayasa dalam bidang ketenaga listrikan.
5. PT. Pupuk Kaltim Bontang
6. PT. Telekomunikasi Indonesia Tbk., dalam Pendidikan, Penelitian dan Pengembangan.
7. Pertamina
   • Penelitian dan Pengembangan Minyak dan Gas Bumi.
   • Penyelenggaraan pendidikan dan latihan.
8. Pusat Pengembangan Tenaga Perminyakan dan Gas Bumi (PPT. Migas), dalam hal pendidikan dan latihan.
9. PT. PLN Pembangkitan Jawa Bali II.
10. PT. Indosat Tbk., dalam bidang Pendidikan, Penelitian dan Pengembangan.
11. PT. INKA (Industri Kereta Api Indonesia)
12. PT. IPTN (Industri Pesawat Terbang Nusantara)
13. PT. Adhi Karya, dalam bidang akademik
14. PT. Krakatau Steel
15. PT. Petrokimia Gresik.
16. PT. Garuda Indonesia
17. PT. Dok dan Perkapalan Kodja Bahari, tentang:
    • Tridharma Perguruan Tinggi
    • Pengembangan Teknologi Rancang Bangun, Fabrikasi perbaikan dan pemeliharaan kapal dan sarana kelautan.
18. PT. Bahana Pakerti Industri Strategis (BPIS)

Perusahaan Swasta dan Sektor Swasta lain

1. PT. GE Lighting Indonesia.
2. PT. Freeport Indonesia.
3. PT. Semen Gresik
4. PT. Caltex Pasific Indonesia
5. PT. Guna Elektro, dalam bidang pendidikan, penelitian, pengembangan, dan rekayasa teknologi di bidang tenaga listrik dan mesin.
6. PT. Mincom Indoservice
7. PT. Oracle Indonesia
8. Asosiasi Pengusaha Asphalt Mixing Plant (Aspamt) Jatim